ブログをまたいで、相互にカテゴリでリンクさせるためには、双方のカテゴリ出力フォルダを統一させなければならない。

出力フォルダを統一するためには、「管理画面」から双方のブログへ移動し、「ブログ記事」→「カテゴリ」で「カテゴリの編集」へ。
次に「出力ファイル/フォルダ名」の「編集」で、あらかじめ決めたフォルダ名をそれぞれ入力。
後は、「変更を保存」を押して「再構築」すればよい。

※最初のブログ記事を生成する前に、双方ですべてのカテゴリの入力、編集を済ませておいたほうが間違いが少なくなると思う。そのためには、あらかじめ、それぞれのフォルダ名を決めておく必要がある。名前は、それぞれが持っているドメイン名を参考にするとかぶらない。